W większości przypadków (ok. 70%) biegunka poantybiotykowa nie wynika z rozwoju pojedynczego szczepu chorobotwórczego, a polega na zaburzeniu równowagi flory jelitowej. Badania wykazały, że uzupełnianie flory bakteryjnej o korzystne bakterie, zarówno w trakcie, jak i po zakończeniu antybiotykoterapii, pozwala zminimalizować niekorzystne skutki stosowania antybiotyków i zmniejszyć ryzyko występowania różnego pochodzenia zakażeń jelitowych i biegunki.
Europejskie Towarzystwo Gastroenterologii Pediatrycznej rekomenduje do stosowania w biegunce najlepiej poznane szczepy probiotyczne: Lactobacillus rhamnosus GG i Saccharomyces boulardii.
Szczep S. boulardii jest bardziej odporny na antybiotyki niż większość drobnoustrojów probiotycznych i z tego względu najefektywniej wspomaga antybiotykoterapię. Ponadto obniża wydzielanie sodu przez komórki jelita, co ogranicza dalsze odwadnianie organizmu.
Bakterie ze szczepu Lactobacillus GG kolonizują jelito cienkie i skutecznie zapobiegają występowaniu biegunki poantybiotykowej wywoływanej przez bakterie chorobotwórcze oraz zwiększają produkcję różnorodnych przeciwciał: wzmacniają naturalne systemy obronne organizmu. Szczep ten wykazuje również skuteczność w leczeniu biegunki rotawirusowej (grypy jelitowej).
Wg najnowszych badań porównawczych (meta-analiz) oba szczepy wykazują podobny efekt, a ich skuteczność w zmniejszaniu ryzyka biegunki polekowej sięga 58%.